Karsinogen dalam makanan dapat ditemukan pada hasil pengolahan makanan yang menimbulkan karsinogen polisiklik hidrokarbon yaitu akibat proses pengasapan makanan, zat kimia nitrosamin, zat fisik karena radiasi nuklir, atau zat biologi yang ada di alam seperti racun pada tembakau. Zat karsinogen tersebut akan mersak keutuhan sel dan intinya sehingga bersifat mutagenik yaitu sel-sel normal setelah dicemari zat tersebut menjadi sel ganas dan berkembang biak tak terkendali.
Selain itu zat karsinogen ditemukan juga pada makanan-makanan dengan pengolahan yang tidak tepat, misalnya: pemanasan terlampau tinggi suhunya dan lama (menimbulkan zat trans fatty acid), cara penggorengan yang berlebihan dan penggunaan minyak goreng yang berulangkali (menimbulkan radikal bebas seperti: peroksida, epioksida, dsb.), pengawetan dengan pengasinan yang berlebihan.
Makanan yang tercemar oleh jamur Aspergillus flavus yang menghasilkan racun aflatoksin seperti pada kacang tanah busuk. Demikian pula keju yang telah kadaluarsa juga dapat bersifat karsinogenik.
Bahan makanan tambahan tak kalah pentingnya untuk diperhatikan. Pemanis buatan seperti siklamat dan sakarin, walaupun diijinkan dalam pemakaiannya, FDA (Food and Drug Association), tetap memberi batas-batas dalam penggunaannya (siklamat 11mg/kg berat badan/hari), karena menurut penelitian epidemiologi dapat pula menimbulkan kanker kandung kemih. Zat pengawet makanan seperti formaldehida sebagai pengawet baso atau tahu, zat warna tekstil (bukan pewarna makanan) seperti methanyl yellow pada krupuk, tahu dll, rhodamin zat pewarna merah pada sirup, menurut penelitian dapat merangsang timbulnya kanker hati. (Jurnal Halal LP POM MUI)
